单细胞ChIP-Seq原理

PA-Tn5融合蛋白与识别组蛋白修饰的抗体结合

PA-Tn5对DNA序列进行剪切

scChIP-seq特点1: 多胞率低                           scChIP-seq特点2: DNA片段捕获率高

测试样本：小鼠和人类混合细胞系                               每细胞可捕获 ~2000 DNA fragments

实测双胞率 2.05%

scChIP-seq特点3: 可多物种混样                   scChIP-seq特点4: 可区分细胞亚群

可跨物种多样本混样                                                      在E18小鼠脑细胞中鉴定出5个细胞亚群                     

样本标签识别率 > 90%                                                  H3K27ac scChIP-seq

scChIP-seq：获取单细胞水平转录调控区信息，挖掘临床新洞见

Wang Q, Xiong H, Ai S, Yu X, et al. Mol Cell. 2019. 3;76(1):206-216.e7. 

scChIP-seq覆盖位点:

人体微生物研究需要的高通量单细胞方法

获得“金标准”  质量的基因组                                   鉴定不可培养菌株    

                               研究耐药基因水平转移                                       分析肠道菌群功能结构

2019 Science封面，三篇文章同时证明肠道菌群组成和肿瘤免疫治疗效果有非常强的关系。

肠道菌群数量约10的13次方），物种100多种，要想深入分析，需要方法既能有很高的通量，又能提供完整度和质量都很好的基因组信息。而现有微生物基因组方法很难同时兼顾高通量和高质量这两个方面。

灵思协同厂家提供了全新的方法，能够同时做到高通量（一次几千甚至上万个细菌）和高质量（基因组质量和业内“金标准”，即单克隆培养测序得到的基因组质量相当）。

全流程覆盖的配套产品，让单细胞测序易如反掌

小鼠组织解离液：出色解离各类小鼠组织

样本冻存液：冻存组织/细胞样本达半年

小鼠小肠样本；-80℃冻存10天；冻存后活率85.56%

组织保存液：保存新鲜组织活性达72小时

灵思厂家团队微流控及单细胞测序技术文章（部分）：

Macosko EZ, et al. Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using nanoliter droplets. Cell. 2015. 21;161(5):1202-1214.（被引次数 4235）

Klein AM, et al. Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells. Cell. 2015;161(5):1187-1201.（被引次数 2206）

Utada AS, et al. Monodisperse double emulsions generated from a microcapillary device. Science. 2005. 22;308(5721):537-41.（被引次数 2212）

Agresti JJ, et al. Ultrahigh-throughput screening in drop-based microfluidics for directed evolution. PNAS. 2010;107(9):4004-4009. （被引次数 1067）

Mazutis L, et al. Single-cell analysis and sorting using droplet-based microfluidics. Nature Protocol. 2013; 8, 870–891.（被引次数 998）

Rotem A, et al. Single-cell ChIP-seq reveals cell subpopulations defined by chromatin state. Nature Biotechnology. 2015;33(11):1165-72.（被引次数 596）

Yu X, et al. Single-cell epigenomic tracing of lifelong endothelial cell plasticity across mouse organs. BioRxiv. 2021.

Wang Q, et al. CoBATCH for High-Throughput Single-Cell Epigenomic Profiling. Molecular Cell. 2019;76(1):206-216.e7.

Xiong H, et al. Single-cell joint detection of chromatin occupancy and transcriptome enables higher-dimensional epigenomic reconstructions. Nature Methods. 2021;18(6):652-660. 

Zheng W, et al. High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome. Science. 2022. 3;376(6597).