代谢组学样品要求及准备
以下样品送样量是常规代谢组学项目要求及注意事项,其与蛋白质组学样品要求差别较大,需要注意:
1. 代谢组学要求每组至少 6-10 个样品重复,整个项目样品数量较大,因此标识要清晰,防止样品错乱;
2. 生物体内代谢处于动态过程中,取样时要进行液氮淬灭,以保持样品在实验结束时的代谢水平,样品 要提前进行分装,以保证后期解冻次数尽量少;
3. 整个运输和保藏均需要严格低温,以尽可能降低样品在运输储藏过程中发生代谢变化,保证结果的真 实性;
4. 需要特别指出的是,代谢组学要求原始样品尽可能精确称量,液体根据体积,固体根据重量,细胞根 据数量,尽量按照相同的量进行分装,或根据每管实际情况精确标注;
5. 样品不得出现固液混合状态,例如液体浸泡的组织,含培养基的细胞或微生物,含水量过大的污泥。 液体样品需离心取上清,固体样品需完全去除液体;
6. 代谢组样本低于极限送样量也可以进行检测,只是会影响鉴定量。
一、动物组织
动物组织@mg ×2 份
选取干净的目标部位组织,取材均一。用无尘吸水纸快速吸去残留 的体液,将组织剪切成边长 0.5cm 小块或 100mg 左右小块,精确称量后 将组织块在盛有液氮的锡纸槽中速冻,再装入液氮预冷的螺口冻存管中, 迅速进行液氮速冻 5min 以上,转移至-80℃冰箱冻存。
二、植物组织
1、植物组织如根茎叶等@mg ×2 份
选取干净的目标部位组织,取材均一且迅速。将样品剪切成 1-2mm2 小块,精确称量后装入预冷的离心管中,将盖子拧紧,在液氮速冻 5min 以上。或使用干净的锡箔纸包裹样品(精确称量后),再用液氮速冻 5min 以上,包装好的样品再放入自封袋,并清晰标示样品名称,-80℃冰箱保 存。
2、植物种子 2g ×2 份
完整的植物种子,干冰运输;解剖后的种子组织,参见植物组织取 材方法。
3、植物分泌 物 冻干粉 20mg 以上 ×2 份
常用的根系分泌物收集法有简单溶液收集、特定溶液收集、基质培 收集等,可根据自身实验要求选择。收集到的根系分泌物清洗溶液需进 行浓缩处理,推荐使用冻干技术。若使用特定溶液收集,请与实验室及 时沟通添加成份,以避免影响后续实验。
三、微生物
1、菌类 107个 (50mg) ×2 份
采用离心或其他方法分离微生物和培养基,收集微生物至 15mL 离 心管中,弃上清后,用预冷的 10mL PBS(或其他符合要求的缓冲液)溶 液洗三遍。用 1mL 1×PBS 重悬并精确计数,按照相同的细胞量(精确 计数)分装至新的 1.5mL 离心管中,8000×g 离心 5~10min,弃上清液氮 速冻后,-80℃冰箱保存。
如不能精确计数,建议送样量不少于 50mg/份
2、藻类 0.2g ×2 份
根据不同藻类采取合适的离心力,分离的同时保证细胞完整,如 1000 ×g 离心 15min,去上清,PBS 洗涤三次,离心取沉淀,分装到多个 2mL 的离心管,不得固液混合,液氮速冻后保存至-80℃
四、细胞
1、悬浮细胞 107 ×2 份
400~1000×g 离心 5-10min 收集细胞至 15mL 离心管中,弃上清后, 用预冷的 10mL PBS 溶液重悬并离心清洗细胞三遍。细胞沉淀用 1mL 1 ×PBS 重悬并精确计数,按照相同的细胞量(精确计数 107 个)分装至 新的 1.5mL 离心管中,400~1000×g 离心 5~10min,弃上清后完全吸弃 液体,液氮速冻后,-80℃冰箱保存。
2、贴壁细胞 107 ×2 份
采用胰酶消化或刮刀刮取后,PBS 重悬并精确计数,按照相同的细 胞量(精确计数 107个)分装至新的 1.5mL 离心管中,400~1000×g 离心 5~10min,弃上清后完全吸弃液体,液氮速冻后,-80℃冰箱保存。若已 知培养皿中细胞的精确数量,可直接倒掉培养基,用 PBS 快速清洗三遍, 用移液枪彻底吸尽清洗液后,将培养皿放在-20℃金属块上(或加少量液 氮猝灭细胞)。每皿(10~15cm)加入 1.2 mL 于-20℃预冷的甲醇:水(4:1) 溶液,用细胞刮刀刮下细胞,并完全转移至 1.5 mL 离心管中,于-80℃冰 箱保存。
五、血液和其他液体样本
1、血浆 0.1mL ×2 份
使用含抗凝剂的采血管(如 BD EDTA 血常规管),轻柔地上下颠 倒混匀,持续 8-10 次,以混匀血液和抗凝剂,然后 4℃,≤1300×g(根 据物种稍微进行调整)离心 10min。待血细胞完全沉降到管底后,用移 液器将上层血浆转移到 1.5mL 离心管内(防止溶血),每管不低于 100μL (精确量取),-80℃冷冻样品。
2、血清 0.1mL ×2 份
收集全血至真空采血管(如 BD 的红头真空采血管),动物血清可 用 10-15mL 离心管收集,静置 30- 45min, 4℃,≤1300×g(根据物种 稍微进行调整)离心 10min。待血细胞完全沉降到管底后,用移液器将上层血清转移到 1.5mL 离心管内(防止溶血),每管不低于 100μL(精 确量取),立即-80℃冷冻样品。
3、尿液 1mL ×2 份
晨起中段新鲜尿液(临床样本)或代谢笼 24h 新鲜尿液(动物样本) 直接分装到离心管中,收集后立即 4℃,400~1000×g 离心 10~15min, 去除细胞和杂质等,收集上清液。再 10000~15000×g,于 4℃下离心 10min 后,吸取中层澄清的尿液,用 1.5 mL 离心管分装,(精确量取)每管 1mL, -80℃冷冻样品。
4、唾液 0.5-1mL ×2 份
禁食两小时以上,建议 9~12am 取样,4℃ 400~1000×g 离心 5min, 取上清,再 4℃,10000×g 离心 10min,取上清。或直接使用 0.22μm 滤 膜过滤后离心管分装,-80℃保存。
5、泪液 0.5ml
用 capillary micropipette 或 Schirmer strip 收集样品于离心管,4℃, 10000×g 离心 10min,取上清到 0.5mL 离心管内,-80℃保存。
6、细胞或者 微生物培 养上清液 溶液 1mL-10mL (冻干粉 20mg 以上) ×2 份
收集培养上清于离心管中,400×~1000×g 离心 10min 去除细胞,取 上清 2000×g 高速离心去除细胞碎片和沉淀,再取上清分装,浓缩或冻干, -80℃冻存。培养基不得含有色素成分(细胞培养可使用无酚红培养基)。
7、低浓度大 体积 冻干粉 20mg 以上 ×2 份
对于低浓度大体积液体样品,如发酵培养上清、活性污泥上清和海 水等,代谢物浓度很低,为提取到足够的代谢物质,需要提前对大量液 体进行预处理。若单个样品需要处理体积超过 10mL,需对样品进行浓缩, 使体积小于 5mL 再进行送样,推荐采用冻干技术进行代谢物富集。 如大体积液体中含有人为添加成份,如氯化钠、硫酸镁等盐类,表 面活性剂、洗涤剂等发泡成份,苏丹红等染色成分需及时沟通,以免影 响后续实验。
六、动物粪便
动物粪便 或肠道内 容物 100mg ×2 份
小/大鼠粪便:将待取样的鼠放进干净的铺有无菌滤纸的笼子里,鼠 排便后立即收集粪便样本,不同的鼠取样时要更换新的滤纸;单只鼠收 集 3-5 粒到灭菌离心管,液氮速冻,-80℃保存,干冰寄送;若单只鼠粪 便样本量不足,可根据实验需求,将组内多只数鼠粪便样本混合为一个 样品。 鼠肠道内容物:在实验对象死亡后,用无菌解剖刀,在无菌状态下 取出整个肠道,无菌水清洗肠道外表面,根据实验设计切取目的位置肠 段;用无菌手术刀挖取内容物置于无菌的离心管中,为保证实验顺利进 行,在采样允许的情况下,尽量多采集样品,液氮速冻,-80℃保存,干 冰寄送。 人体粪便:将双手洗干净,用采样的无菌勺挖取粪便内部没有接触空气 和地面的部分,挖取 2 满勺(2g 以上)。将挖取的粪便放入采样管中, 盖紧盖子,放入-80℃保存(如有条件,可进行液氮速冻)。
七、土壤和污泥样本
1、土壤 2g ×2 份
根据实验要求取地表下不同深度的土壤,一般表土样品需采集地表下 2-3cm 的样品,此层土壤有机物组成相对稳定,建议过 80-100 目筛(2mm) 精确称量后等量分装,根据实验目的,可采用常温、冰袋或干冰运输。 土壤样本原则上送样不要超过 10g,以防解冻时间过长造成代谢物损失。
2、污泥 2g ×2 份
污泥取样前需要匀质,活性污泥样本必须-80℃快速冷冻保存,不得 固液混合,并且干冰寄送