过去几年，中药机制研究中出现了两个明显的“热门配置”：一个是肠道菌群，另一个是单细胞RNA测序（ScRNA-Seq）。

于是，越来越多课题开始采用这样的技术组合：

中药干预动物模型＋16S测序＋代谢组学＋单细胞RNA测序。

技术看起来很丰富，但真正的问题是：这些检测结果之间是否存在明确的逻辑关系？

如果16S只是筛出几个差异菌，单细胞只是展示几张UMAP图，最后再把差异菌、差异代谢物和差异细胞做一张相关性网络，那么这些技术仍然只是“并排摆放”，并没有形成真正的机制链条。

从2026年已经发表的一批研究来看，中药、肠道菌群和单细胞研究正在逐渐形成一条更清晰的主线：

中药或天然活性成分→特定肠道菌及其功能→菌源代谢物或菌体酶→靶器官特定细胞亚群→细胞间通讯与疾病结局。

这可能是未来几年中药现代机制研究最值得关注的方向之一。

一、单细胞在菌群研究中到底解决什么问题？

传统肠道菌群研究通常能够回答两个问题：

第一，中药干预后，哪些细菌发生了变化？

第二，这些细菌可能产生哪些代谢物？

但菌群和代谢物最终作用于宿主的哪一类细胞，往往并不清楚。

以结肠组织为例，同一种菌源代谢物可能同时接触肠上皮细胞、杯状细胞、干细胞、巨噬细胞、树突状细胞、成纤维细胞和内皮细胞。传统组织转录组只能得到这些细胞信号的“平均值”，很难判断真正发挥作用的是哪一类细胞。

因此，单细胞RNA测序在这类课题中的核心价值，不是多画一张细胞图谱，而是回答三个关键问题：

药物或菌群信号主要被哪类细胞接收？

这类细胞发生了什么状态转变？

这种状态转变又如何影响其他细胞？

二、2026年高水平研究正在怎么做？

1. 淫羊藿苷：不只证明某种菌增加，而是找到它作用的细菌酶

2026年发表于《Advanced Science》的一项研究发现，淫羊藿来源的活性成分淫羊藿苷可通过增强Akkermansia来源N-乙酰半乳糖胺苷酶Amuc_0920的活性，促进Akkermansia在肠道中的富集，并在肿瘤小鼠模型中增强抗PD-1治疗的抗肿瘤效果。单细胞RNA测序进一步显示，这种菌群变化与肿瘤内CD8⁺ T细胞功能增强有关。DOI：10.1002/advs.202519942

图1 淫羊藿甙（Icariin）通过增强N-乙酰半乳糖胺酶（Amuc_0920）活性促进了Akk的生长，从而增强了黏蛋白的利用，并为细菌生长提供了有利的养分环境

这项研究最值得借鉴的地方，并不是再次证明“Akkermansia是一种有益菌”，而是继续追问：淫羊藿苷为什么能够促进这种细菌生长？

研究进一步发现，淫羊藿苷可以增强Akkermansia来源N-乙酰半乳糖胺苷酶Amuc_0920的酶活性，提高其对黏蛋白的利用能力，从而为细菌增殖创造更有利的营养环境。单细胞RNA测序则用于观察肿瘤组织免疫细胞状态，证明这种菌群变化最终改善了肿瘤内CD8⁺ T细胞功能。

图2 单细胞分析明确了LLC小鼠模型中Icariin-FMT处理与对照FMT处理之间的转录组格局

这篇研究构建的并不是简单的：

淫羊藿苷→Akkermansia增加。

而是：

淫羊藿苷→细菌功能酶Amuc_0920活性增强→黏蛋白利用增加→Akkermansia扩增→CD8⁺ T细胞功能改善→PD-1治疗增敏。

换句话说，菌群研究已经从“丰度变化”深入到了“细菌功能蛋白和营养生态位”。

2. 川续断皂苷D：同时打通宿主靶点和菌群代谢通路

另一项发表于《Phytomedicine》的2026年研究，以川续断皂苷D干预溃疡性结肠炎。doi: 10.1016/j.phymed.2026.157829。

研究整合了结肠单细胞RNA测序、肠道菌群和代谢组学，发现木通皂苷D（又称川续断皂苷VI）可改善DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎，并重塑肠道菌群及代谢稳态。研究显示，其干预后Akkermansia muciniphila丰度及吲哚-3-甲醇水平升高；单细胞RNA测序进一步发现，结肠Hmgb2⁺增殖过渡细胞和Muc2⁺杯状细胞增加。此外，研究将EGFR鉴定为其调控MEK/ERK/AP-1信号的关键分子靶点。

这一研究思路提示，中药并不一定只通过一条路径发挥作用，而可能同时存在：

直接路径：

中药成分→宿主受体或蛋白靶点→细胞信号通路。

间接路径：

中药成分→菌群重塑→菌源代谢物变化→宿主细胞状态改变。

这类“双通路机制”非常符合中药多层次调控的特点，也比单纯进行网络药理学预测更有说服力。

3. 菌群改变并不一定是好事，单细胞能够找到真正受影响的免疫细胞

2026年《Cell Host & Microbe》发表的一项食管鳞癌研究发现，肠道唾液乳杆菌产生的吲哚-3-乳酸反而会降低抗PD-1治疗效果。DOI: 10.1016/j.chom.2026.02.019

研究通过人源化菌群模型、原位食管癌模型和单细胞RNA测序发现，唾液乳杆菌来源的吲哚-3-乳酸会抑制肿瘤浸润的NKG7⁺CD8⁺前体耗竭T细胞，削弱抗肿瘤免疫。

这一结果提醒我们：

不能简单地把乳酸菌、双歧杆菌或Akkermansia统一归类为“有益菌”。

同一种细菌在不同疾病、不同营养环境和不同治疗背景下，可能产生完全不同的代谢物和免疫效应。真正决定疾病结局的，往往不是细菌的名称，而是：

· 该细菌表达了哪些功能基因；

· 产生了什么代谢物；

· 这些代谢物作用于哪类细胞；

· 受影响的细胞处于什么功能状态。

单细胞技术的价值，正是把“菌群变化”进一步定位到具体的细胞亚群和功能状态。

4. 菌群—宿主关系不是单向的，而是一个反馈环

2026年《Gut Microbes》发表的一项研究鉴定出由Bacteroides stercorirosoris产生的4-胍基丁酸（4-guanidinobutanoic acid，4-GBA）。

DOI： 10.1080/19490976.2026.2639216

研究结合代谢组学、类器官、动物模型和单细胞RNA测序发现，4-胍基丁酸可以通过SLC36A1—Hedgehog信号促进肠干细胞功能及杯状细胞分化，增强黏液屏障；而黏液生态位的改变又进一步促进Akkermansia muciniphila定植，形成“微生物代谢物—宿主上皮—微生物生态”的反馈环。

因此，更完整的菌群研究不应只考虑：

菌群如何影响宿主。

还应考虑：

宿主细胞改变后，是否会反过来重塑菌群生态？

这也是中药多靶点、整体调节特点比较容易发挥优势的地方。

三、中药与单细胞研究也正在从“找细胞”走向“研究细胞生态位”

2026年《Journal of Ethnopharmacology》发表的一项研究，采用单细胞转录组和代谢组学分析桃核承气汤对脓毒症相关急性肺损伤的作用。DOI：https://doi.org/10.1016/j.jep.2026.121283

研究并没有停留在“哪些基因升高或降低”，而是从免疫细胞组成、代谢通路及细胞通讯等角度，分析桃核承气汤如何重塑肺组织免疫代谢环境。

这说明，中药单细胞研究的重点正在发生变化：

过去主要是寻找某个差异细胞。

现在则更强调研究：

细胞亚群变化＋代谢状态改变＋细胞间通讯重构。

当这条思路与肠道菌群结合后，便可以继续向前追问：

中药改变的菌群代谢物，是否正是通过重塑某类免疫细胞或组织细胞的代谢状态，最终改变局部细胞通讯网络？

四、一套更合理的“中药—菌群—单细胞”研究路线

真正完整的研究不应从“我要做哪些组学”出发，而应从一个明确的因果问题出发：

中药是否通过改变特定肠道菌及其代谢功能，作用于靶器官中的特定细胞亚群，从而改善疾病？

围绕这个问题，可以形成以下研究链条。

第一阶段：证明中药有效，并判断是否依赖肠道菌群

首先建立疾病模型，观察中药对疾病表型的改善作用。

在此基础上，增加抗生素清除菌群、伪无菌动物或粪菌移植实验。如果清除菌群后中药作用明显减弱，而移植中药组菌群后可以部分复制药效，才能说明肠道菌群不是伴随变化，而是参与了中药作用。

第二阶段：从“差异菌”推进到“功能菌”

16S测序最多只能用于初步筛选。

后续更需要宏基因组测序、菌株培养、菌株定植或特异性清除实验，明确真正与药效有关的是哪一种菌及其哪些功能基因。

研究重点不应只是“某菌丰度升高”，而应进一步分析：

· 某菌的代谢通路是否增强；

· 是否存在特定功能酶；

· 中药成分能否直接影响该菌生长或酶活性；

· 该菌能否独立复制部分药效。

第三阶段：寻找菌群与宿主之间的“信使”

肠道细菌通常不是隔空调控肝、肺、脑或肿瘤组织，而是通过代谢物、细菌组分或细胞外囊泡传递信号。

因此，需要结合粪便、肠内容物、血清和靶组织代谢组学，寻找能够完成跨器官传递的候选分子。

候选代谢物筛出后，还应进行靶向定量、菌株产物检测、外源补充及阻断实验，而不能只依赖相关性热图。

第四阶段：用单细胞定位真正的响应细胞

单细胞RNA测序应优先检测靶器官，而不是为了“有单细胞”而做单细胞。

例如：

· 肠道疾病重点关注肠干细胞、杯状细胞、巨噬细胞和成纤维细胞；

· 肝病重点关注肝细胞、Kupffer细胞和肝星状细胞；

· 肿瘤重点关注CD8⁺ T细胞、Treg、树突状细胞及肿瘤相关巨噬细胞；

· 神经系统疾病重点关注小胶质细胞、星形胶质细胞和脑血管内皮细胞。

单细胞实验最好至少设置：

正常组、模型组、中药组。

条件允许时，应增加：

中药＋菌群清除组，或模型菌群移植组与中药菌群移植组。

只有这样，才能判断某个细胞亚群的恢复究竟来自中药直接作用，还是依赖菌群介导。

第五阶段：构建“菌—代谢物—细胞—通路”机制轴

通过单细胞数据筛选候选代谢物受体、转运体或感应通路，分析其在不同细胞亚群中的表达。

随后利用类器官、原代细胞、共培养体系或条件培养基实验，验证：

候选菌或代谢物→特定细胞受体→细胞状态变化。

最后再通过受体抑制剂、基因敲低、特定细胞清除或代谢物拮抗实验完成反向验证。

做到这一步，研究才真正从“多组学联合分析”升级为“因果机制研究”。

五、哪些疾病方向最适合采用这套思路？

从现有研究基础看，以下三类方向比较容易形成完整闭环。

方向一：炎症性肠病与肠黏膜损伤

可围绕：

中药复方→Akkermansia或Bacteroides→色氨酸代谢物或短链脂肪酸→肠干细胞、杯状细胞或巨噬细胞→屏障修复。

这一方向靶器官与菌群距离较近，便于开展类器官、菌株培养和局部代谢物验证。

方向二：肿瘤及免疫治疗

可围绕：

中药活性成分→特定菌及菌体酶→菌源代谢物→CD8⁺ T细胞、Treg或树突状细胞状态→免疫治疗敏感性。

但需要特别注意：不能预设某种菌一定有利，应根据功能和代谢物判断其真实作用。

方向三：代谢性疾病及肠—肝轴

可围绕：

中药复方→胆汁酸或氨基酸代谢菌→循环代谢物→Kupffer细胞、肝细胞或肝星状细胞→脂质代谢、炎症与纤维化。

这类课题尤其适合把宏基因组、胆汁酸靶向代谢组和肝脏单细胞测序结合起来。

六、最容易出现的几个问题

第一，16S和单细胞各做各的，最后只通过相关性分析连接。

第二，只检测正常组和模型组的单细胞数据，中药组反而不做单细胞。

第三，将“某菌丰度恢复”直接解释为该菌介导了药效，却没有抗生素、粪菌移植或菌株干预。

第四，从数十种差异代谢物中主观选择一个分子，没有证明它由候选菌产生。

第五，把网络药理学预测的靶点与单细胞差异基因取交集，就直接定义为中药核心靶点。

第六，单细胞只展示细胞比例和差异基因，却没有进一步进行细胞亚群、代谢状态和细胞通讯验证。

这些做法看起来数据很多，但通常很难回答真正的机制问题。

结语

2026年的高水平研究已经释放出一个非常明确的信号：

中药与肠道菌群研究正在从“差异菌筛选”走向“微生物功能解析”，单细胞研究也正在从“绘制细胞图谱”走向“定位药物和菌群信号的真正响应细胞”。

未来更有竞争力的研究模式，不再是简单的：

中药＋16S＋单细胞。

而是形成一条可以逐层验证的因果链：

中药复方或活性成分→特定肠道菌及功能酶→菌源代谢物→靶器官特定细胞亚群→细胞间通讯与疾病表型。

单细胞测序也不应该只是为了得到一张漂亮的UMAP图。

它真正需要回答的是：

肠道菌群产生的信号，最终被哪一种细胞接收，又如何改变了整个组织微环境？

能够回答这个问题，中药、菌群和单细胞才算真正地结合在了一起。