动植物基因组denovo测序

基因组从头测序（de novo sequencing），主要针对基因组序列未知或参考基因组组装不理想的物种，构建不同类型的基因组DNA文库，并进行序列测定。然后使用生物信息学方法对序列进行拼接、组装和注释，从而绘制该物种完整的基因组序列信息。简单基因组：重复序列低于50%，且二倍体杂合度低于0.5%的物种。复杂基因组：重复序列高于50%，或二倍体杂合度高于0.5%，或其他多倍体物种。

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动植物全基因组重测序

动植物全基因组重测序是指在一个物种的基因组已知的情况，对该物种的大量样本进行测序。将得到的序列信息和参考基因组比对，得到该物种的全基因组遗传变异多态性，并进行群体水平的分析和统计，进行功能基因的定位或对该物种的遗传进化关系做出预测分析，估计生物种类的分化时间和速度等。

实验流程：

DNA提取→DNA 检测→PE150文库构建→文库质检→BGISeq或Illumina PE150测序→数据分析

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真菌基因组

真菌属于较低等的真核生物，种类繁多，在自然界中分布广泛。据估计，全世界约有150万种真菌，其中包含许多具有重要药用价值和食用价值的有益真菌，同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明，将为真菌特性的分析提供重要依据。随着高通量测序技术的成熟，基因组测序成本已大大降低，使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能，目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。 目前通过Illumina和Pacbio/ONT平台测序并进行de novo基因组组装，即可获得获得真菌的基因组精细图并进行深度生物信息挖掘。

实验流程：

DNA提取→DNA 检测→Pacbio/ONT文库构建→文库质检→Pacbio/ONT测序

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细菌基因组

   细菌全基因组从头测序（Bacterial Whole Genome de novo Sequencing ），是指对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种，构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行序列测定，然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，从而获得该细菌的基因组序列图谱。

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细菌完成图

      细菌的染色体基因组通常仅由一条环状双链DNA分子组成细菌的染色体相对聚集在一起，形成一个较为致密的区域，称为类核（nucleoid）。细菌基因组学是研究细菌全基因组DNA 序列及其结构与功能的学科。1995 年, 科学家获得了流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae Rd)的全基因组序列, 这是第一个完整的基因组序列, 也是第一个完成的细菌基因组序列。随着高通量测序技术和生物信息学的快速发展，细菌全基因组de novo测序已然成为一种探究细菌生物学问题的高性价比方法。通过三代测序测序，可以获知待测菌株的基因及相关调控信息，为研究该菌株特有的生物学特征（致病机制，共生机制，独有的代谢机制）提供分子生物学基础；通过比较基因组分析，为研究菌株种内及种间的功能差异、进化关系提供理论指导。

实验流程：

DNA提取→DNA 样品检测→Pacbio/ONT文库构建→文库质检

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叶绿体基因组

叶绿体基因组在很多方面与线粒体基因组的结构是相似的。每个叶绿体中cpDNA的拷贝数随着物种的不同而不同。但都是多拷贝的。这些拷贝位于类核区。叶绿体（cp）基因组测序是利用二代测序平台，对植物叶绿体基因组进行高通量测序，突破传统cpDNA分离提纯的实验壁垒，可直接利用组织总DNA获得叶绿体基因组，对序列信息进行深入解析，通过比较基因组分析获得物种分类、系统进化、地理谱系遗传等信息。

实验流程：

DNA提取→DNA 检测→Illumina 文库构建→文库质检→Illumina PE150测序

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线粒体基因组

线粒体（mt）基因组测序是利用二代测序平台，对动植物线粒体基因组进行高通量测序，突破传统mtDNA分离提纯的实验壁垒，可直接利用组织总DNA获得线粒体基因组，对序列信息进行深入解析，通过比较基因组分析获得物种分类、系统进化、地理谱系遗传等信息。

实验流程：

DNA提取→DNA 检测→Illumina 文库构建→文库质检→Illumina PE150测序

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病毒基因组

病毒基因组测序包括完成图测序、扫描图测序，通过二代/三代测序平台，获得病毒的基因组的序列信息，并在结构基因组学、比较基因组学层面通过差异分析、同源基因分析、共线性分析、物种进化分析等手段探究病毒的毒力系统、基因组的进化与演变历程等。对于纯化后的病毒，我们通过三代测序可以100%获得该病毒的完整基因组序列。

实验流程：

DNA提取→DNA 检测→PE文库构建→文库质检→ PE150测序

分析内容：

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