联合分析专题(四):单细胞转录组+空间转录组联合分析的研究思路

2023-12-13

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单细胞转录组+空间转录组联合分析

单细胞转录组是基于微流控技术的单细胞文库制备系统,可以同时获得100-80,000个单细胞文库,通过高通量测序实现对数百个至数万个细胞进行细胞鉴定和基因表达分析。10x Genomics单细胞转录组测序广泛应用于多种细胞类型,如干细胞、肿瘤细胞、免疫细胞、生殖细胞、胚胎细胞等,是研究免疫细胞群体、肿瘤异质性、和胚胎发育等最佳选择之一。

空间转录组技术是结合成像、生物标记、测序及生物信息学等工具对组织切片的基因表达进行空间定位的一项技术,可揭示各细胞类型在组织中的空间分布、各细胞群体间的相互作用以及绘制不同组织区域的基因表达图谱,对于理解疾病和癌症的发生机制具有深远的应用价值。

目前scRNA-seq将每个转录物与单个细胞相关联,但关于这些转录物在组织中的位置信息丢失了;相反的,空间转录组学技术能获取转录物表达空间信息,却丢失了单个细胞异质性。因此,综合两种技术可实现将不同单细胞的亚群进行空间定位,对空间转录组的位置区域进行细胞类型注释。

联合分析思路(技术路线):

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结果展示(单细胞转录组部分结果图展现):

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空间转录组部分结果图展现:

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