益生菌卷到肝了！植物乳杆菌靠一条lncRNA，让肝脏自噬"卷"起来抵御药物性肝损伤

 肠菌代谢物HMB遥控肝脏lncRNA，抵御药物性肝损伤

浙江大学转化医学研究院/浙江大学医学院附属第一医院王宇浩研究员团队通过RNA-pull down、RNA-seq、双荧光素酶报告基因实验、16S rRNA测序、粪菌移植、代谢组学等技术，揭示了肠道有益菌通过代谢产物2-羟基-2-甲基丁酸（HMB）上调肝脏lncRNA SNHG9表达，进而激活“IMP2-MYC-MAS”信号轴并引发肝细胞保护性自噬，从而缓解对乙酰氨基酚（APAP）诱导的药物性肝损伤，为药物性肝损伤的预防和治疗提供了新的干预策略。

 文献标题：Hepatic SNHG9 links gut microbiota to liver protection in drug-induced liver injury

文献来源：王宇浩/卢言慧/潘金水/陈佳欣共同通讯

发表期刊：Nature Communications（IF=15.7，JCR Q1区）

发表时间：2026年5月

文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-73309-4

研究背景：

药物性肝损伤（Drug-induced liver injury, DILI）是急性肝衰竭的重要诱因之一，对公共健康构成显著威胁。对乙酰氨基酚（Acetaminophen, APAP）过量服用是全球DILI的常见诱因，而目前DILI的治疗选择有限，亟需探索新的治疗策略。近几年已有报道揭示DILI受到肠道菌群及其活性物质的调节，一些菌群代谢物在DILI中起到保护作用。前期研究发现，长链非编码RNA（lncRNA）SNHG9是肠道中关键宿主分子，也在肝脏中表达，但其在肝-肠轴通信及DILI中的作用尚不明确。

关键研究发现

1、肝脏SNHG9可缓解APAP诱导的肝损伤

肠道菌群调控SNHG9表达：不同饲养环境的两组小鼠肝脏SNHG9表达差异显著（图1A-C）；粪菌移植（FMT）证实菌群直接调控SNHG9。

APAP诱导SNHG9动态变化：APAP处理后，小鼠肝脏SNHG9表达量早期下降，24h显著升高，提示SNHG9在肝毒性应激下受到动态调控（图1D）。

SNHG9过表达保护作用：与对照组相比，SNHG9过表达小鼠的APAP损伤减轻，表现为丙氨酸氨基转移酶（ALT）和天冬氨酸氨基转移酶（AST）水平均低于对照组（图1E-F），肝脏细胞凋亡减少（图1G），炎性因子（TNF-α、IL-6、IL-1β）表达下降（图1H-J）。荧光原位杂交（FISH）染色显示，DILI患者肝脏中SNHG9表达高于健康对照（图1K）。

图1 肝脏SNHG9减轻对乙酰氨基酚所致肝损伤

2、SNHG9通过增强MAS介导的自噬缓解肝损伤

SNHG9调控MAS介导的自噬：RNA-seq显示Mas1（编码MAS）在SNHG9过表达小鼠中显著上调（图2A），qPCR、WB和免疫组化进一步印证了这一结果（图2B-D）。与转染非靶向对照sgRNA的编辑细胞相比，敲除SNHG9可使MAS表达水平降低，进而导致AKT磷酸化水平升高及FOXO1乙酰化水平降低，基础LC3-II水平降低并促进p62积累，但在敲除细胞中重新表达SNHG9可消除上述效应（图2E-F）。

SNHG9依赖MAS促进自噬：与敲除SNHG9的细胞相比，SNHG9过表达可上调MAS蛋白水平，AKT磷酸化水平降低、FOXO1乙酰化水平升高及自噬流改善，但加入MAS受体拮抗剂A779可消除上述效应（图2G-H），证实MAS是关键下游靶点。

自噬激活：与对照组相比，SNHG9过表达小鼠肝脏Mas1表达升高，MAS蛋白水平上调，FOXO1乙酰化增强，AKT磷酸化水平降低（图2I-J），且自噬相关指标（LC3-II、Ulk1、Atg7、Lamp1）表达均上调（图2K-L），自噬空泡数量显著增加（图2M），免疫荧光（IF）显示DILI患者肝脏MAS水平亦升高（图2N），提示SNHG9通过激活MAS依赖的自噬缓解APAP诱导的肝损伤。

图2 SNHG9激活MAS介导的自噬，从而发挥肝保护作用

3、SNHG9可通过IMP2–MYC轴上调/下调MAS表达

SNHG9与IMP2结合：RNA-pull down和RIP证实SNHG9与IMP2存在直接互作（图3A-C）。为鉴定IMP2在SNHG9上的具体结合位点，构建了在不同环区缺失的SNHG9突变体并进行RNA-pull down，发现IMP2特异性结合SNHG9的环3区（图3D-E）。

IMP2抑制MYC翻译：RNA-seq显示，SNHG9过表达小鼠中MYC mRNA水平降低（图3F）。IMP2敲低可使MYC mRNA稳定表达并促进其翻译（图3G-H），而IMP2过表达的结果相反（图3K）。过表达SNHG9可增加IMP2与MYC mRNA的结合，而过表达SNHG9-D3则未显示类似效应（图3I），经APAP处理的SNHG9过表达小鼠肝脏MYC mRNA和蛋白水平均显著低于对照组（图3J-K）。这表明SNHG9与IMP2的结合可促进IMP2与MYC mRNA之间的互作。

MYC抑制MAS：Huh7细胞中MYC过表达可降低MAS的mRNA和蛋白水平（图3L-M），而MYC敲低则可升高其水平（图3N-O），表明MYC抑制MAS表达。HEK-293T细胞的双荧光素酶报告基因实验显示MYC可直接抑制MAS1启动子活性（图3P）。Huh7细胞的染色质免疫共沉淀-定量PCR（ChIP-qPCR）证实了MYC与MAS1启动子的直接结合（图3Q）。在稳定表达SNHG9的Huh7细胞中过表达MYC可显著逆转MAS的mRNA和蛋白水平（图3R、S）。上述发现表明MYC直接结合MAS1启动子抑制其转录，SNHG9通过抑制MYC解除转录抑制，上调MAS。

图3 SNHG9经IMP2–MYC轴调控MAS表达

4、乳杆菌富集激活SNHG9–MAS信号通路并对抗APAP诱导的肝损伤起保护作用

菌群筛选：结合图1结果，选取3种菌株对小鼠灌胃，发现只有植物乳杆菌（L. plantarum）显著上调肝脏SNHG9表达（图4A）。

L. plantarum可激活SNHG9–MAS信号通路：APAP诱导肝损伤小鼠灌胃L. plantarum可上调肝脏SNHG9表达（图4B），MYC的mRNA和蛋白水平均降低，MAS表达升高（图4C-D），MAS相关自噬信号增强，表现为AKT磷酸化降低、FOXO1乙酰化升高，以及Ulk1、Atg7和Lamp1表达上调（图4D-E），从而改善自噬流（图4F）。TEM进一步显示L. plantarum处理小鼠肝脏中自噬空泡增多（图4G），证实自噬程序被强烈激活。

L. plantarum可改善肝损伤：APAP诱导肝损伤小鼠灌胃L. plantarum 使24h血清ALT和AST水平降低（图4H），肝脏坏死减轻、Ly6G⁺中性粒细胞和F4/80⁺巨噬细胞浸润减少以及肝脏凋亡减少（图4I），血清促炎细胞因子水平降低（图4J）。

综上，L. plantarum可激活SNHG9–MAS信号通路，增强自噬，并减轻APAP所致肝损伤。

图4 乳杆菌富集激活SNHG9–MAS通路并减轻APAP所致肝损伤

5、乳杆菌经代谢物HMB激活SNHG9–MAS信号通路

HMB是关键代谢物：与灌胃新鲜培养基相比，小鼠灌胃灭活L. plantarum培养上清可有效诱导肝脏Snhg9表达（图5A），显著降低APAP所致肝毒性小鼠的血清ALT和AST水平（图5B），提示L. plantarum分泌的特定代谢物驱动SNHG9诱导表达及肝保护。L. plantarum培养上清及L. plantarum处理小鼠血清的准靶向代谢组学分析显示HMB在两种样本中均一致富集（图5C）。L. plantarum给药可升高小鼠循环HMB水平（图5D），人类血清样本中HMB浓度与粪便乳杆菌丰度呈正相关（图5E），与上述结果一致。同时，HMB给药可增加自噬空泡数量（图5F）。

HMB依赖SNHG9：为确定HMB介导的肝保护是否依赖SNHG9，构造肝脏Snhg9特异敲除小鼠模型，发现了Sngh9确实显著削弱了HMB的保护作用：与HMB处理的对照组小鼠相比，Sngh9敲除小鼠24h血清ALT和AST水平恢复正常（图5G），肝脏坏死加重、炎症细胞浸润增加、肝细胞凋亡增加（图5H），循环促炎细胞因子升高（图5I）。在DILI患者中观察到血清HMB水平与ALT和AST浓度均呈负相关（图5J）。综上，HMB可促进肝脏SNHG9表达并激活SNHG9–MAS信号通路，从而减轻APAP所致急性肝损伤。

图5 乳杆菌经代谢物HMB激活SNHG9–MAS信号通路

6、HMB通过激活HCAR2诱导SNHG9表达

HCAR2是HMB受体：在Huh7细胞中沉默HCAR2可显著抑制SNHG9表达（图6A-B），表明HCAR2是HMB介导SNHG9上调所必需的。CRE-荧光素酶报告基因实验显示，HMB处理可显著抑制HCAR2调控的cAMP信号（图6C），微量热泳动（MST）分析证实了HMB与HCAR2的直接结合（KD≈66.7μM）（图6D）。表明HMB为HCAR2的功能性配体，并支持其在介导SNHG9诱导中的作用。

HCAR2为传递HMB信号的中间环节：HCAR2抑制剂MPN阻断HMB的保护作用，表现为MPN处理逆转了HMB诱导的肝脏Snhg9、Myc和Mas1表达变化（图6E–G），以及下游自噬信号标志物的变化（图6H），血清ALT和AST水平恢复至未接受HMB处理小鼠的水平（图6I、J），肝坏死、Ly6G⁺中性粒细胞和F4/80⁺巨噬细胞浸润以及肝细胞凋亡均与未接受HMB处理组相当（图6K、L）。综上，HMB通过HCAR2激活SNHG9–MAS信号通路。

图6 HMB诱导的SNHG9–MAS信号激活依赖HCAR2

结论

综上所述，为阐明肠道菌群调控药物性肝损伤的肠-肝轴机制，该研究利用肝特异性基因编辑小鼠、细胞模型及人肝活检，聚焦长链非编码RNA SNHG9，首次发现并阐明了“HMB-SNHG9-MYC-MAS”这一保护性信号通路，揭示了肝脏SNHG9响应菌源性信号、启动细胞自噬以缓解DILI的新机制。同时也为临床通过补充植物乳杆菌等高表达HMB的益生菌进行DILI的早期干预与主动预防，提供了具有转化前景的新思路。